朱允炆守孝时因过度哀伤而消瘦，朱元璋安慰说“而诚纯孝，顾不念我乎”。
朱允炆由于自幼熟读儒家经书，所近之人多怀理想主义，性情因此与父同样温文尔雅，即长皆与宽大著称。洪武二十九年，朱允炆曾向太祖请求修改《大明律》，他参考《礼经》及历朝刑法，修改《大明律》中七十三条过分严苛的条文，深得人心。
1368年2月，朱元璋开始为王朝定下传统，即立朱允炆的父亲朱标为太子，因为朱标是他的长子。朱元璋的目标是为皇位的合法继承树立一个正式的原则，希望以此杜绝将来在皇位继承问题上的纷争。朱标在许多方面都不像他的父亲他性情温和而有教养，但不很勇武。明太祖虽然对他的第四子朱棣的军事才能有很深的印象，但为了王朝的利益，他仍把朱标看作最恰当的继任人选。使皇帝震悼不已的是，朱标在他的盛年37岁时（即1392年5月17日）死去，谥号懿文太子。按照原则，嫡长子不在则应立嫡长子嫡长孙，但是朱标大儿子早夭，而朱元璋看到嫡长子次孙朱允炆表现的十分孝顺而很是喜欢，后来立其为太孙。[4]
朱元璋死前密命驸马梅殷（宁国公主之夫）辅佐新君，遗诏命皇太孙朱允炆继位。朱元璋驾崩几天后，朱允炆于1398年6月30日在南京即位，时年21岁。他确定下一年为建文元年，并尊封他的母亲二皇妃吕氏（1402年死）为皇太后。关于朱允炆的个性和他在位时的国内发展情况现已无可信材料，因为朱允炆时期的档案文献和起居注全遭毁灭，而私家记述又概遭禁止。[5]
年轻的建文皇帝书生气十足而又温文尔雅，他继承了他父亲的温和和好思考的脾性。他腼腆，且又毫无国政经验；且不说和他的前皇祖考相比，甚至比起他的雄才大略的叔父们，他也没有那种自信心和坚强的性格，甚至也没有那种能力。这位年轻皇帝的温顺性格和儒家教育，因此他衷心向往的是实行理想的仁政。他在政府的言论和行事上努力实行一些较大的变革，但这些变革却招致了灾难性的后果。
朱允炆把三位儒家师傅引为心腹，他们是黄子澄、齐泰和方孝孺。这几位老者对朱允炆关于君之为君的概念起了强有力的作用。黄子澄（1402年死）是一个很受人尊敬的儒家学者，他在1385年举进士第一名。他在明太祖时代担任过很多官职，现在被朱允炆任命为翰林学士，并参与国家政事。齐泰（1402年死）也是1385年的进士，是一位对经书学有大成的学者，特别精于礼和兵法。他在洪武帝弥留之际受顾命，以护卫皇太孙和嗣君，被新皇帝任命为兵部尚书，参与国政。方孝孺（1357—1404年）早在四十来岁的初年就已经是声名卓著的学者，以文章家和政治思想家闻名，未中过举，在他很晚的岁月才开始进入仕宦生涯。朱允炆即位以后被召为翰林侍讲。[6]
这三位儒家学者以各种不同方式影响皇帝。黄子澄和齐泰变成了皇帝的心腹，用儒家的修齐治平理论教育他。他们负责研究一些新政策并付诸实施，目的在改组帝国的行政和加强皇帝的权威。方孝孺是《周礼》，一部关于乌托邦式政府的经典著作——专家，他发觉他所见到的是个人专制统治的缺点，因此他建议皇帝应该根据古代经典所提出的理想和形式来实行仁政。所有这三个人都勇敢、正直和满怀着理想。但是，他们都是书呆子，缺乏实践意识和从事公共事务的经验，也没有领导才能；他们对于问题的分析往往限于纸上谈兵，不切实际。[7]
燕王反叛
令人难以对付的燕王朱棣生于1360年5月2日，他的生母也许是洪武帝的一位贡妃，据说她或者是蒙古人，或者是朝鲜人。他不是像他自己后来所说的那样为马皇后所生；他的这种说法是想在他从他侄子手中夺取了帝位以后按照嫡长子继承原则使他的即位合