差不多到了嘉靖中期，赛依德乘吐鲁番与瓦剌开战之机，率兵突袭吐鲁番，结果居然一举灭了吐鲁番汗国，于是新疆进入了叶尔羌汗国独霸时期。
但是叶尔羌汗国的实力很弱，它名义上统治新疆，实际上很多地方都管不到。
中亚的哈萨克汗国瞅准了机会，乘机进入了新疆。漠北草原瓦剌也看准了叶尔羌汗国很弱，有几个部落便进入了新疆的北部地区。
于是新疆西北的哈萨克汗国、新疆北部的瓦剌和硕特部、新疆南部的叶尔羌汗国形成了三足鼎立之势，一直到了明朝灭亡都没有结束这个对峙局面。
在这个时期，新疆没有一天是统一的。
先是察合台汗国分裂，接着帖木儿帝国下克上，反克了东、西察合台汗国。
帖木儿死后，察合台汗国短暂统一了新疆，然后再次分裂，从之中分裂出来叶尔羌汗国再次下克上，灭了吐鲁番汗国。
在叶尔羌和吐鲁番内战期间，瓦剌的和硕特部和哈萨克汗国的势力也进入了西域，双方形成了三足鼎立之势，一直持续到了清朝康熙时期。
最后强调一下，为了避免本书被宗教人士抗议，出动河蟹大神封书，本书不会涉及现今社会还在流传的几大宗教，只会有白莲教这种已经完消弭的宗教，及草原上的原始信仰。
其实前面的历史背景介绍，也应该是有宗教因素的，我刻意略去了，见谅。