后，他首先做出了人事调动。
司礼监掌印太监曹化淳年纪太大，无法再统管司礼监的事情，因此，准其告老还乡，颐养天年。没有意外，王承恩接替司礼监掌印太监一职。
东厂提督则由崇祯皇帝亲自培养出来的陈宝庭担任，御马监的掌印太监则由另外一个崇祯皇帝亲自培养出来的蓝天保担任。这些，主要是宫内的人事变动。
至于外庭，内阁首辅薛国观也告老还乡，首辅由张缚接替；至于卢象升，还是掌兵部尚书一职，负责全国兵马包括海军事宜。这个位置，除了卢象升这样带兵打仗出来的之外，其他人的话，崇祯皇帝也不放心。
另外，崇祯皇帝不在，五品以上官员的调动，就全是暂代。如今也由崇祯皇帝审阅之后，给予转正。
忙完了这些，崇祯皇帝便传旨召见郑芝龙。