天启六年六月初二日
此日九卿刚结束对魏忠贤审讯，即下令缉拿在京所有被弹劾与魏忠贤案有染之官员，上到阁老下到御史，无一人漏网。
天启六年六月初九日
离第一次开审刚过了七天，九卿讯狱已经结束。对魏忠贤、田尔耕、顾秉谦等内廷外朝所有人等，皆已定罪。其中魏忠贤，客氏凌迟，家产抄没。崔呈秀及魏良卿，客氏子都督侯国兴，太监李永贞、李朝钦斩立决，家产抄没，家中男子充军，女子入教坊司。丰城侯李承祚，都督田尔耕、许显纯、崔应元等十九人斩监候家产抄没，家中男子充军，女子入教坊司。魏广微、周应秋、阎呜泰、霍维华等十二人充军，家产抄没。大学士顾秉谦、冯铨、张瑞图等一百余人削官去职。
本来天启是想把那些削官去职的人的家产全抄没了，但以孙承宗为首的内阁阁老没一个赞同，也只能作罢。
这次魏党逆案，将整个朝廷搅得天翻地覆，阁老去职三人，尚书侍郎各省督抚都有十余人。
此案之后，东林党虽有数人得到起复，但实际最大的赢家还是天启。此案抄没三十余内廷太监及外廷官员的家财后，得银一千七百余万两，地契、店铺、田地等无数，这算下来估计也有上千万两。
并且，信王朱由检任总督京营戎政、孙传庭任协理京营戎政、毕懋康任工部右侍郎、杨嗣昌破格提任登莱兵备道，协助登莱巡抚毕自严整饬兵备、时任两浙承宣布政左参议的洪承畴提任为山西按察使司副使充任大同兵备道。天启本来还想将卢象升提任为北直隶按察使司副使，但此时卢象升年纪实在太轻，官职不过是区区六品的户部主事，天启也只能退而求其次，让卢象升出任登州府同知。
此时朝中魏党全军覆没，吏部尚书王绍徽去职，左侍郎房壮丽升任吏部尚书。兵部尚书刘导宪致士，孙承宗任兵部尚书。与此同时，王在晋入京，天启拜为阁老。
乾清宫内
天启坐在椅子上，身前站着六位内阁阁老及各部尚书。
还是户部尚书李起元先开口说“陛下，袁崇焕递上来的奏折写了，如若要宁远驻军都撤回山海关内，则关外百姓如何处置？现下关外诸城及村堡内百姓共计百万余人，入关后如何生计？”
天启言道“现下海禁已开，可在登莱等地接纳一些善行船者跑海运或捕鱼，内廷会在登莱地区办个船行及船厂，招募会造船的工匠。对了，工部可否从江南等地调一批善造沙船的工匠去登莱？”
工部尚书董可威连忙站出来说“陛下，之前海禁多年，工部所属船厂每年造船不过十数艘且皆为小船，船厂内匠人不过数十，如要征调熟手造船工匠，恐怕要去民间寻访。”
天启刚想同意董可威，派人去江南等地招募工匠，此时徐光启站了出来。
“陛下，臣举荐一人。苏州府崇明县，有一沈姓缙绅。家中有沙船上百艘，其长子沈廷杨目下正在国子监中，陛下可派人联络。不但能招募到造船工匠，臣以为也可租借一批沙船，让入关辽民立即就能出海跑商打鱼。”
天启连连点头“此策大善，朕这几天就让人去找这沈廷杨。至于其他入关辽民，朕想安排这些人开垦荒地及在山东、北直隶等地的矿山开矿。第一年这些辽民所需粮食由内廷供应，开垦出的荒地免赋五年，其他的事宜，户部拟一个条陈上来朕看一下。”
说完，天启看了看殿内的众位阁老及尚书。
“山海关八里铺新城修筑，就不征徭役了，由入关民众去修筑。所耗费粮饷，也由内廷支取，此事就由王阁老主持。”
众人对此也无异议，本来修筑八里铺新城就是王在晋提出来的。
王在晋出列躬身领旨后说道“陛下，那老臣明日就出京去山海关。也请陛下尽快将第一批粮食运抵八里铺。”