她反对该法案。立法由狂热的，偏见的反突变参议员罗伯特凯利推动它需要变种人向政府注册，从而揭示他们的身份和能力。
这份限制变种人的法案得到了查尔斯教授和万磁王的一致反对。查尔斯教授主张以政治手段解决问题，而万磁王则要以力证道。
而在加拿大阿尔伯塔省北部，小淘气玛丽遇到了金刚狼。金刚狼被认为是一个突变的“怪胎”，当他与心怀不满和失败的对手发生冲突，并暴露了他的长刀锋利的可伸缩金属爪，从酒吧被赶走。
两人结伴前行，不料发生了一场车祸。两人被赶到的x战警救下并被带到了x学院。然而小淘气的能力被万磁王看中，想要利用小淘气达成自己的计划。
魔形女依照万磁王的命令将小淘气从x学院掳走，实行了万磁王的计划把整个世界的各国首脑变成变种人。
金刚狼和x战警一起毁灭了万磁王的阴谋，然后把万磁王关在了塑料监狱里。
罗根为了找回自己过去的记忆离开了x教授的学校，隐姓埋名前往艾卡里湖工业中心，另一边，人类议会正忙于重建在变种人大战中受到重创的自由女神像，万磁王则继续在x教授精心打造的塑料监狱中服刑。
在一次针对美国总统的惊天刺杀行动中，具有瞬间移动和隐性能力的新类型变种人蓝魔鬼的现身，不但再度引起政府和社会上对变种人的抵触情绪，更掀起了一场来势汹汹动机不纯的反变种人运动。
在白宫内，一向敌视变种人威廉·史崔克将军与参议员罗伯特·凯利，正与总统筹划展开针对变种人总部x学院的武力行动。而总统身边的助手，秘密化名安妮·瑞诺德斯的变种人死亡女，也有着不为人知的秘密打算。
x教授这边，金刚狼在艾卡里湖的调查一无所获，只有先返回x学院助阵。集合了力量的x教授希望通过自己的超能力，找到刺杀总统的新类型变种人蓝魔鬼。
但是，蓝魔鬼的特殊能力使他散发出的变种人信号非常微弱，连x教授也无法找到他的确切位置，只能模糊地感觉到其人应该身处波士顿附近。