开始，敌我战斗非常频繁。到4月，在三江省日伪军就与我军交战达123次。在同一时间内，日伪军还强迫伪三江省居住的农民并入578处“集团部落”，修筑警备道路806公里。这些，都给抗联部队造成了极大威胁。在这种形势下，中共北满临时省委第七次常委会做出决定，号召云集在三江平原的抗联三、六、九、十一军有计划地分批转移到敌人统治比较薄弱的嫩江平原，开辟新的游击区，建立新的游击根据地。根据这一指示，1938年5月，李兆麟在萝北麻花林子召开三、六、九、十一军军政联席会议，决定部队分三批西征，跳出敌人包围圈，向黑嫩平原挺进，实行战略转移。首批西征部队由冯治纲、陈雷负责，一路上打仗、爬山，忍受严寒和饥饿，历尽千辛万苦，终于胜利到达了西征目的地海伦八道林子。
月和12月，先后与金策、李兆麟率领的第二、三批西征部队胜利会师。为了加强对西征部队的统一领导，根据北满省委的指示，将西征部队改编为三个支队。
1939年1月12日，冯治纲被任命为第二支队长。第二支队由六军二师十一、十二团和三军五师八团二连组成。随后，这支部队被派到讷嫩地区开展工作。
为了开辟德都、讷河、嫩江地区，冯治纲率队顶着鹅毛大雪，迎着刺骨寒风，仅用3天时间就到达了德都县田家船口。在这里，冯治纲指挥二师十二团伏击了德都县田家船口警察讨伐队，俘虏警察25名，击毙警尉目黑俊一。
部队在向讷河转移时，在谷家窑遭到3000名日伪军的层层包围，我军指战员面对10倍于我的兵力，沉着应战。这天上午，有两个伪军站在十四号墙头上向我军示威，被冯治纲用“三八”枪击毙。在激战中，他发现北面的敌人是伪警察和自卫团，就派人给他们带封信，晓以中国人不打中国人的大义，使他们只放空枪不进攻，减少了我军的压力。傍晚时分，冯治纲发现南方的日军进攻减弱，经侦察得知，原来这里的日军发觉北面伪军进攻不力，就将部队全部调到北面。冯治纲借此有利时机，当机立断，决定部队从南面突围。午夜，他率领队伍悄悄从南面撤出去了。敌人以为我军仍在包围圈内，仍旧互相对射，直至天明，日伪军伤亡很大。
部队冲出谷家窑以后，进入嫩江平原，经过广泛发动群众，很决在讷北三马架、倭都台、南阳岗等地站稳了脚跟并建立了抗日组织。1939年5月，六军十二团在讷河人民支援下，缴械三河屯警察署。7月lo日，我军准备攻打北兴镇。当部队行至讷漠尔河北岸吴家烧锅时，俘虏了德都县副县长。冯治纲决定利用伪县长实施调虎离山计。他命令两名战士，将伪县长带到龙门山警察署附近枪毙了。德都县的警备队长听到这个消息，立即调动500名日伪军扑向龙门山。趁此时机，冯治纲率队赶赴北兴镇，迅速将北兴镇警察署和自卫团缴械。当日伪军发觉上当，赶赴北兴镇时，我军已安全转移。
1939年9月，第二支队在冯治纲带领下，为进一步扩大政治影响，坚定人民的抗日信心，决定在“九一八”攻打讷河县城。在攻城之前，打入讷河镇的我党地下工作者魏永久曾向冯治纲同志报告了敌情，然后返回讷河镇，随时注意敌人的动向，配合部队实现攻城计划。9月15日，冯治纲率领三军八团、六军十二团全体指战员从哈拉巴歧山出发，谨慎地绕过各警察署，于9月18日到达讷河县县城外十五里处待命。
夜深了，全城一派寂静。冯治纲根据从城里带回来的情报，决定姜福荣带领六军教导队和三军八团攻打伪满军驻地北大营；王钧率领六军十二团攻打县公署警务科、监狱和银
行；讷河抗日先锋队攻打警察训练所。战斗是在23时打响的，很快讷河县城的主要街道和据点被我军占领。警务科和警察训练所的敌人纷纷投降。六军十二团和讷