按照多尔衮最初的决定，由耿仲明、尚可喜进军广西，无奈二人嫌广西地处偏僻，情况复杂，有意推辞，孔有德毅然“以粤西为请”，闻听广东那边进展迅速，自也不甘落后，率部一路猛冲猛打。
破桂林，擒杀了张同敞、瞿式耜及靖江王朱亨歅等后，孔有德信心大增，立志要在广西建功立业，随后在不到一年的时间里几乎占领了广西全境。
再后来，明西宁王李定国率东路军收复湖南大部，南下广西，孔有德所部不敌象阵，大败于兴安县严关，逃回桂林据守，被李定国一箭射中额头。
孔有德自知走投无路，令其妻妾上吊自杀，自己在王府纵火，北向再拜，自刎而死。其子孔廷训逃跑过程中被明军俘获，仅有一女孔四贞逃脱。
孔有德既死，因续顺公沈志祥已死，清廷改派平西王吴三桂清剿永历朝廷。
回到肇庆行在，适逢各地反清浪潮风起云涌，自觉安全了些，偶尔地，永历帝也会过问一下政事，却又嫌劳心费神，巴不得交给大臣们去处理，自去享受这难得的富足且安逸的日子。
然而，仿佛还只是眨眼间，这日子就被接踵而来的坏消息给打破了，为安全计，清军未及抵达广州，永历帝即仓皇由肇庆逃往梧州。
到得梧州，依李元胤之言，诛杀了常常劫掠行舟，杀戮往来军使抢夺贡物的屯居梧州的明将杨大甫，随后，又令李元胤除掉了弃守南雄意图挟持永历帝降清的罗成耀。
这显然没能阻挡得住局势的快速恶化，不久，广西沦陷的消息也传了过来，永历帝及一帮臣下逃往浔州，李元胤留下阻击清兵。
因为永历帝对自己的恩宠和信任，并没有因养父李成栋战死而有丝毫的改变，李元胤孤军守肇庆，独军于西南驿击败清军。
广州沦陷后，李元胤孤军不支，被清军重围于郁林。绝望之下，李元胤穿上大明朝服，登城四拜，哭叹道：“陛下负臣，臣不负陛下！”
叹毕，自刎而死，广东重又尽陷于清军之手。
清闽浙总督陈锦，会同援兵击溃鲁王朱以海的主力部队后，乘胜追击，再扑灭了各地的义军，浙江形势渐渐稳定下来。
未及喘口气，多尔衮的急檄就到了，命令陈锦一面不吝厚赏，积极招降鲁王手下，一面出兵扫荡四明三寨的义军，剪其羽翼，而后兵集定关，发起舟山战役，彻底消灭盘踞舟山的鲁王及其所部。
陈锦原就是这想法，或者说多尔衮不过就是把陈锦的请示，用命令的口气说了出来，接到命令，陈锦立即行动起来，不，准确地说，应该是继续行动起来，没用多久，各项工作即已就绪，以大军虎视舟山。
其时，鲁王刚刚痛打落水狗，击溃郑彩残部不久，闻报，忙招了群臣过来，面色略显沉重地道：“这说明了什么，这说明舟山群岛的地理位置十分重要，对清廷在江浙地区的统治构成了重大威胁。
所以，清兵迟早要打过来，令本王没有想到的是，他们的动作竟会如此之快，各位爱卿都说说吧，看该如何应对？”
其实，无需他说，朝臣们也已注意到了，而且进行过认真研究，他的话音刚落，兵部侍郎张煌言即清了清嗓子道：“无论是银弹外交，还是大军压境，清军的目的就是一个，那就是消灭咱们。
应该说，清军的这招够狠，两相呼应，不仅在军事上占了先手，还当真在我们当中弄出了些摇尾乞怜的动摇分子，这比军事上的先手更让人感到可怕。
目前，要打破清军的阴谋，唯有取得军事上的主动，现实却是敌强我弱，又怎么取得军事上的主动呢？以己之长攻敌之短。
咱之长、敌之短是什么呢？水战。如此，我军若以一精于海战的大将镇守舟山，当可保家门无虞，余部则乘江浙清军主力齐集定海，以水军进击长江口，定能让清军陷入进退两