而且诬陷谋反不是十恶不赦的大罪，请按律法等秋分后再判决。”高宗采纳。不久，于志宁被任命为尚书左仆射、同中书门下三品，又兼太子少师。
唐高宗废黜王皇后，改立武则天为皇后，太尉长孙无忌、右仆射褚遂良坚决反对，司空李积暗中支持，而于志宁则一言不发，并未表态。于志宁改封太子太傅，于志宁请求退休，唐高宗便解除他尚书左仆射之职，任命他为太子太师、同中书门下三品。
不久，许敬宗诬陷于志宁党附太尉长孙无忌，贬为荣州刺史，改任华州刺史，年老请求退休，获得批准，病逝时终年七十八岁，追赠幽州都督，谥号为定。
史事讲将2隋唐五代三月天