，是何原因？”他回答说：“臣就像一匹鹿，罗织之徒，就像猎人，是想用臣的肉做羹罢了。这些人杀臣是想求得通达，又有何罪？”升任凤阁侍郎，任代理宰相，检校并州长史。
未过多久，加授银青光禄大夫，迁任左肃政台御史大夫，兼检校洛州长史，治政清严。长安年中，相王为并州元帅，魏元忠任副职，当时奉宸令张易之曾纵容家奴欺凌百姓。魏元忠按法笞杀了家奴。权贵们莫不敬畏。当时，突厥与吐蕃多次侵犯边土，魏元忠为大总管抗击敌军，魏元忠在军中，持重自守，既未打胜仗，也未打败仗，
唐中宗李显为太子时，魏元忠任检校太子左庶子。当时张易之、张昌宗权宠的状况一天比一天盛，倾朝官员都趋附于他们，而魏元忠曾为此上奏武则天：“臣承蒙先帝看得起，又受陛下的厚恩，不能为忠于国家尽死节，使小人能在君侧，臣之罪也。”武则天看后很不高兴。张易之、张昌宗由此含怒，趁武则天身体不好，便诬害魏元忠说他与司礼卿高戬私下同谋道：“陛下老了，我辈当挟太子而令天下。”武则天听了，便把魏元忠收入狱中，召太子李显、相王李旦及宰相到朝廷，让张昌宗与魏元忠在殿前对质，反复不能决断。张昌宗又要凤阁舍人张说做证人，张说开始答应了，等到武则天召他到殿前验问时，张说据实说魏元忠实无此证，武则天才明白魏元忠被诬害，但因张昌宗的缘故，特贬授端州高要县尉。
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李显即位后，派驿马专程召回魏元忠，授卫尉卿，任代理宰相，不久又迁任兵部尚书，主管军国大事如故。不久，又进拜侍中，兼检校兵部尚书，当时武则天驾崩，李显居丧，多不视事，军国大政，独委魏元忠代理数日。未过多久，魏元忠任中书令，加授光禄大夫，封齐国公，监修国史。
魏元忠与武三思、祝钦明、徐彦伯、柳冲、韦承庆、崔融、岑羲、徐坚等人撰写《武则天皇后实录》二十卷，编辑文集一百二十卷上奏。李显称善，赐魏元忠五色绸千段，还封他的儿子卫王府咨议参军魏升为任城县男。当时，魏元忠特别受宠于李显，当朝用事，在武则天朝中做宰相时，议者都认为他公正洁廉。到此时再度任宰相，天下人莫不引颈盼望，希望他有所弘扬。但魏元忠依附权豪，抑弃寒俊，竟然不能赏善罚恶，勉修时政，议者因此责备他。后代唐璟任尚书右仆射、兼中书令，仍兼兵部尚书，监修国史。
不久，魏元忠请求还乡扫墓拜祖，皇上特赐锦袍一领、银千两，并给千骑官四人，充当他的左右随从，并亲书：“衣锦昼游，在乎此日，散多敷惠，谅属斯辰。”魏元忠到故乡，竟自藏白银，无所救济施舍。到归朝时，李显又亲自到白马寺来迎接慰劳他，其恩遇达到如此程度。这时，安乐公主曾私下请李显废除太子李重俊，立自己为皇太女，李显以此事问魏元忠，魏元忠坚持说不可，才作罢。不久，魏元忠任左仆射，其他职务如故。魏元忠嫉妒武三思专权用事，心中常生愤慨之情，叹息不已，总想除掉武三思。
李重俊起兵诛武三思，魏元忠及左羽林大将军李多祚等都暗中参与其事，太子既斩了武三思，又率领军人到宫门外，将请求废除韦后为庶人，在永安门遇上魏元忠的儿子太仆少卿魏昇，便胁迫令他顺从。李重俊带兵到玄武楼下，李多祚等犹豫不战，魏元忠又持两端，因此起兵未成功，魏昇被乱兵所杀。李显以魏元忠有平寇之功，又一向为高宗、武则天所看重，竟没有因魏昇的事牵累，委任如初。
武三思的死党，兵部尚书宗楚客与侍中纪处讷等又拿魏昇的事，证明魏氏父子与李重俊同谋叛逆，请求抄斩三族，中宗未允许。魏元忠惧怕不能自安，上表坚请告老还乡，李显亲自手批，免除左仆射，加特进的最高荣誉职，封齐国公告老还乡，但还是初一、十五上朝，宗楚客等又拉拢右卫郎