矛盾再次浮上水面，韩建视随驾而来的诸王军队为眼中钉，他与李巨川合谋，指使防城将张行思、花重武告称睦、济、韶、通、彭、韩、仪、陈八王谋杀韩建、再劫驾去河中，并将张行思所告奏于昭宗。昭宗大惊，召韩建告谕，韩建称病不入见，昭宗令诸王拜访韩建解释清楚，韩建依然不见，并上表称：“诸王忽然来拜访臣理事之所，不知意欲何为。臣仔细思考，不应与诸王相见。”又称：“诸王当自避嫌疑，不可轻为举措。陛下若以友爱含容，请依旧制，令他们归十六宅，好好选师傅教以诗书，不令他们典兵预政。”且请求解散他们的军队，只留殿后兵三十人为控鹤排马官，隶飞龙坊，韩建担心昭宗不从，率麾下精兵包围行宫，连续上表。
昭宗不得已，当夜诏令诸王所领军士放归田里，勒令诸王回归十六宅，其甲兵都交给韩建掌管。韩建又奏称：“陛下选贤任能就足以平息祸乱了，何必另外设置殿后四军？招募的都是坊市无赖奸猾之徒，平时就想着惹是生非，临难必不能用，却让他们张弓挟刃接近皇帝，臣私下感到寒心，乞求都罢去。”昭宗听从。于是殿后四军二万余人全部被解散，昭宗便没有了亲军。捧日都头李筠昔日在王行瑜、李茂贞图谋劫驾时护驾功居第一，韩建又率精兵数千包围行宫，逼杀李筠，昭宗害怕，赶紧下诏同意，韩建就在大云桥斩杀李筠。韩建又上奏引用永王李璘图谋自立、吐蕃和军阀朱玫拥立宗室为帝的例子，请求召还出使四方的诸王，又奏称方士们出入禁庭，眩惑圣听，应禁止入宫，昭宗都只能听从，但暗中派延王李戒丕出使河东，找李克用搬救兵。
韩建已将诸王都幽禁在其他房内，又奏请立皇长子德王李佑为太子、拜未封王皇子为亲王，试图以此缓解与昭宗的关系，掩盖恶名。昭宗乃立李佑为皇太子，更名李裕，打破了唐武宗以来不立储君的惯例。韩建诬杀昭宗近臣天文学家太子詹事马道殷和医生将作监许岩士，以宰相孙偓与朱朴与马、许勾结为由予以罢免。昭宗封韩建为昌黎郡王，赐号“资忠靖国功臣”，韩建八次上表，得以辞封，并献封事十条，其中第三条是请置师傅教导太子、诸王，于是昭宗以太子宾客王牍为诸王侍读。
延王李戒丕从河东回到华州，韩建得知李克用近期遭败而无暇西顾，便更加肆无忌惮地剪除昭宗的羽翼。他上表称李嗣周、李戒丕等诸王谋反，请杀之，昭宗不予回复。韩建便与宦官知枢密刘季述矫诏抓捕十一王（李嗣周、李戒丕、丹王李允、通王李滋、皇兄仪王、皇弟睦王李倚、嗣济王、嗣韶王、皇叔祖彭王李惕、嗣韩王李克良、嗣陈王），将他们及侍者驱赶到石堤谷，无论老少通通杀死。
昭宗以韩建为镇国、匡国两军节度使、长春宫使，韩建经营南庄，起楼阁，欲邀昭宗游幸，再废了他，改立太子李裕。其父韩叔丰对他说：“你只是陈、许间一介田夫，遭遇时局变乱，蒙天子厚恩才有了现在的地位，却想凭借两州百里之地行大事，我不忍见灭族之祸，不如先死！”说着就哭起来，李茂贞、朱全忠也都跃跃欲试，欲夺昭宗，韩建畏惧，于是作罢。
韩建和李茂贞为了防止朱全忠西征，决定修复长安宫殿，迎昭宗回京，并同李克用讲和。宫阙重建由韩建全权负责，他派都将蔡敬思督建，亲自视察新宫。昭宗回京，韩建留在华州，昭宗拜韩建为守太傅，升华州为兴德府，以韩建为府尹；亲自为韩建画像，再次封韩建为颍川郡王，并赐铁券及御笔“忠贞”二字，韩建屡次上表辞王爵，因而昭宗于改封他为许国公。
此时，韩建炙手可热，身兼宣力兴复功臣、镇国匡国等军节度管内观察处置修葺宫阙同州长春宫等使、开府仪同三司、守太傅、兼中书令、兴德尹、使持节同州诸军事、兼同州刺史、上柱国、许国公、食邑四千户、食实封一百户，获铁券所赐恕九死，子孙恕二死，如犯常刑，有司不