刘秀则以北河尚未平定为由，拒不领命。
自此刘秀与更始政权公开决定。公元25日，刘秀在郝城千秋亭继皇帝位，为表示对汉室的重视。刘秀建国后仍然使用“汉”的国号，史称后汉、
自己则为汉世祖光武皇帝，后定都洛阳，而此时的赤眉军也拥立了小皇帝刘盆子建立了新政权，拥兵三十万众，进逼关中，与更始帝发生了火并，最终更始帝向赤眉军投降，被封为了长沙。
但赤卫军也因此受到了重创，刘秀乘势出击一举将兵士疲惫，粮草缺乏的赤眉军击败。
至此，纵横东山十余年的赤眉军，被刘秀扼杀在了血泊之中。
从公元26年开始，刘秀用了五年的时间东征西讨，基本上控制了除陇右和巴蜀之外的广大中原之地，统一了华夏的东方。
与西北陇右的槐嚣，西南巴蜀的公孙述形成了鼎足之势，之后又历时4年平定了陇西。刘秀称帝后，并没有像刘邦那样屠戮功臣，而是分封了三百六十多位功臣为列侯，只解其兵权，让其回到了自己的封地。
公元35年，刘秀率军从南北两个方向对公孙述展开进攻，大司马吴汉率青州兵6万，沿长江上游入蜀，盖严率诸军自陇西南下攻河池入蜀，沿途郡县纷纷降服，刘秀的大军直破江州。
一年后公孙述战死，所有守军投降，刘秀在其登基后用了12年的时间，终于平定了天下，使得自新末年以来四分五裂，战火连年的华夏再次归于一统。
但在此期间百姓伤亡惨重，战死和病饿，而死者不计其数，天下人口锐减至1/5。
公元51年，为了使饱经战乱的中原之地尽快的恢复和发展，刘秀实行轻徭薄税，减少摇曳的政策。
并发展农业生产，兴修水利，还多次发布释放奴婢和禁止残害奴婢的诏书，使得自西汉末年以来大量失去土地的农民沦为奴婢的问题，得到了极大的改善。
也使得战乱之后大量土地荒芜。而人口不足的问题得到了解决。
到了刘秀统治的末期，全国人口数量达到了2000多万，比之前增长了一倍还多。经济也得到了极大的发展，历史上称其统治时期为光武中兴。
公元57年，刘秀在南宫前殿逝世。享年六十二岁，其子刘庄继位。
——“刘庄和他儿子也挺猛的，可以说一家三代把后世子孙的夫妻用完了，后世一个比一个不中用。”
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——“也不能这么说，立国初期的皇帝一般比后期强，因为那时候的情况不允许他们享乐，而后期的皇帝基本没事干，一天不是喝酒就是泡妞，一代代下去自然会变得废物。”
刘秀的一生结束了农民战争，军阀混战与地方割据的混乱局面。励精图治，在政治上提倡柔道治国，改革官制，精简结构，优待功臣。
在经济上休养生息，施行度田，发展经济，在文化上大兴儒学，推崇气节，史称光武中兴，但它在历史上的名气据其功绩不相匹配。
以至于只能依靠一段传说来被大家所熟知，除了废立皇后事件，使自己的名声稍有瑕疵之外，刘秀的一生可堪称为一位完美的帝王超越千古。
——“别的不说，就不杀功臣这一点就比别的皇帝好太多了。”
——“主要是自信，天下最能打的就是他自己，还不像李世民时期有李靖那种能势均力敌的怪物，所以他相当放心了。杀功臣的那些开国皇帝一般都是不自信的，典型如刘老三。”
——“不仅如此，还因为他年轻，老哥们都熬不过他？就像李世民也一样，属于他们那一帮最年轻的，所以刚开始根本不慌，直到自己身体不太行了，这才有些放着李靖。”
——“老天偏爱放