并以农业为主，准备充分的储备，然后率大军攻向江陵、夷陵，分别占据夏口，沿沮水、漳水运输粮食。敌人知道我有坚锐的装备和充足的储备，能长久占据优势则依据天险顽固坚守的信念必然变得沮丧，弃暗投明的人会越来越多。这时再联合东吴的蛮夷从其内部攻击。大军再分部征讨，则夏口以上各据点一定可以攻下来，长江之外的州郡也都守不住了。这样一来，吴、蜀的交通断绝，两国无法联合，东吴也就成为瓮中之鳖了。否则的话，这时出兵未必有利。”于是朝廷打消了出兵的念头。
司马师执掌朝政，王基上书劝戒说：“天下很大，政事很杂，您就不能不兢兢业业，夜以继日。如果志尚淳正，就不会滋生各种邪念;如果心地纯静，就不会感到众事嘈杂。深思熟虑，教令就不会繁杂;重用贤能、优良之士，远近都会臣服。因此，要使远方各族团结协同一心，全在于阁下如何行动;要使民众平定，也全在于您如何用心。许允、傅嘏、袁侃、崔赞等都是正直之士，有端直的品质，没有流变的坏心，可以任用他们。”司马师采纳了他的意见。与州泰、邓艾、石苞分别主管州郡事务。
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高贵乡公曹髦登基，进封王基为常乐亭侯。毋丘俭、文钦起兵反对司马氏，朝廷任命王基为行监军、假节，统领许昌军队，正好与司马师的军队在许昌会合。司马师问王基：“您看毋丘俭等会怎么样呢?”王基说：“淮南叛乱，不是当地吏民作乱，而是受到毋丘俭的威胁，怕眼前被杀，所以随大流罢了。如果大兵压境，他们必然土崩瓦解。毋丘俭、文钦的尸首不久就会悬在军门。”司马师说：“说得好!”于是派王基打先锋。很多人认为，毋丘俭、文钦勇猛无敌，很难与他们争胜。朝廷下诏让王基停止进军。
王基认为：“毋丘俭等军队完全可以长驱直入，但其仍不进军，说明已露出诈伪的马脚，民众之心有所疑。我们这时候不赶紧声张威势，满足百姓的愿望，反而停军不前，修筑高垒，无异于显示我们的怯懦，这决不合用兵的道理。如果他们抢劫民众，并把各州郡兵士家属也抓来，则我们更丧失民心。为毋丘俭所威胁的人，觉得自己罪责深重，不敢再逃出。这里是乌合之众聚集之地，士兵并无战斗力，却可能成为奸宄之辈得势的温床。如果东吴军队趁机出兵，那淮南大片国土就该被敌人占据了。此后，谯、沛、汝、豫等地就日益危险，这是最大的失策。应快速占据南顿，南顿有大粮仓，足够军队吃上四十天的。驻守南顿坚城，借助大粮仓供应，造成先声夺人的气势，这是平定叛贼的首要措施。”王基反复请战，朝廷才让他占据濦水。抵达后，王基又上书说：“兵贵神速，不能拖延。而今外有强敌，内有叛臣，如果再不当机立断，将来后果就难以预知了。很多人认为指挥军队应持重一些。持重当然应该，但是停军不进就错了。持重决不是指按兵不动呵!如果能进军，就不可战胜。而今占据城关，壁垒森严，那边积蓄的粮食提供给敌人，而我们却要远道运粮，这是大错的呵!”
司马师想等各路军队到齐后再发兵，还是不听王基的劝谏，王基又说：“将军在外，君主的命令可以不接受。敌人得城，敌人得利。我得城，对我有利。这才叫争城，进军南顿城!”于是挥师占据南顿。毋丘俭等从项地发兵也想争夺南顿，走了十来里，听说王基已捷足先登，只好退回项地，当时兖州刺史邓艾屯兵乐嘉，毋丘俭派文钦率兵袭击邓艾。王基知道他们已分散了兵力，就率兵攻项地，毋丘俭失败。淮南二叛平定后，王基任镇南将军、都督豫州诸军事，领豫州刺史，晋封安乐乡侯。他上疏要求分自己的封邑二百户，给叔父王翁的儿子王乔，并求赐王乔关内侯，用来报答王翁的养育之恩，朝廷特许。
征东大将军诸葛诞在淮南起兵反司马氏，王基以豫州刺史身份行镇东将军，都督扬