除分封制，改行郡县制。地方行政机构分郡、县两级。郡县主要官吏由中央任免。郡设守、尉、监（监御史）。郡守掌治其郡。郡尉辅佐郡守，并典兵事。郡监掌监察事宜。秦始皇把全国分成三十六郡，以后又陆续增设至四十一郡。
县，万户以上者设令（县令），万户以下者设长（县长）。县令、县长领有县丞、县尉及其他属员。县令、县长主要管政务，县尉掌握军事，县丞掌管司法。
县以下设乡，其主要职能有四：1.摊派徭役；2.征收田赋；3.查证本乡被告案情；4.参与对国家仓库粮食的保管工作。乡设三老掌教化，啬夫掌诉讼和赋税，游徼掌治安。乡下设里，是最基层的行政单位。里有里典，后代称里正、里魁，以“豪帅”即强有力者为之。
里中设置严密的什伍户籍组织，以便支派差役，收纳赋税。并规定互相监督告奸，一人犯罪，邻里连坐。此外还有掌管治安、盗贼的专门机构，叫做亭，亭设亭长。亭除了主要管理治安，还负责接待往来的官吏，掌管为政府输送、采购、传递（文书）等事。
军事统一
六国韩国的实力在六国中最弱，但地理位置却是秦国统一道路的最大障碍，秦始皇首选的攻击目标为韩国。
始皇帝十六年（公元前231年），韩国南阳郡“假守”（即代理郡守）内史腾，向秦献出他所管辖的属地。内史腾被秦王政任命为内史，后又派他率军进攻韩国。
内史腾于始皇帝十七年（公元前230年）俘获韩王安，韩国灭亡。
始皇帝十八年（公元前229年），秦始皇派王翦领兵攻赵。赵国派李牧、司马尚率兵抵御。王翦用重金收买了赵王的宠臣郭开，要他散布李牧、司马尚企图谋反的流言。赵王轻信谣言，派赵葱和颜聚替代李牧，此后李牧被杀害。
秦王政十九年（公元前228年），秦军攻破邯郸。 不久，出逃的赵王迁被迫降秦，赵国实际上灭亡了。 但是公子嘉却带着一伙人逃到代郡（河北蔚县），自立为王。
后秦军在始皇帝二十五年（公元前222年）灭燕国之后将其俘虏。
大秦：父皇，我只想咸鱼一生三月天