徐振业回乡为老娘丁忧守孝，马铖也重新投入到工作中，开始正式办公。
马铖的新办公室设在自己府中，这倒不是马铖为国家节省资金，实在是因为没有那座小庙能容纳了马铖这尊大佛。因为随着南京之战结束，马铖的临时指挥部也就撤销。马铖在战前是大校场提督，后来是南都镇守。
大校场提督的衙门在南城外大校场，但是经过这一年的血战，南城外一片瓦砾，大校场早已经成了烂葬岗，埋了数万清军的尸体。
南都镇守的办事衙门在皇城内西安门附近，以前历任南都镇守都在这里办公，但是皇帝现在就在宫内，马铖带着一群如狼似虎的亲兵驻扎在皇城内，皇帝实在是不放心，所以皇帝一纸命令将镇守衙门交给了新任南都提督卢嗣业。
不过好在马铖现在还兼任中军大都督，也可以去中军都督府办公。但是马铖去了白虎街上的五军都督府，发现这里房屋狭窄，设施破旧，根本没法容纳马铖的属官，没办法马铖只好在自己家中专门开辟几个院子，当成临时办公地点。不过好在魏国公府占地面积很大，马铖家中家眷很少，所以马铖的上千部属还是能安置下的。
马铖现在是镇国侯，有了开府的资格，同时比照郡王可以拥有两卫护军，所以马铖将自己的亲兵头顾勇，从千户连升八级，直接升为仪卫司指挥使。仪卫司虽然是礼仪部队，但是马铖并不想将仪卫司当成花瓶，上任的第一件事就是让顾勇去城外清军俘虏营与流民营，挑选健壮之人充当自己的护军。
按照军制马铖的两卫护军共有一万一千二百人，以前朱棣削减藩王权力时，将亲王三卫护军减少至三百人。不过马铖可不管这些，直接命令顾勇按照朝廷军制将两卫护军招满额，同时还拿出一卫五千六百人充当骑兵队伍，使用的都是俘获清军的最好战马。
马铖将护军扩大规模，也是有弊端的。这些护军属于马铖的私军，自然朝廷不会拨钱，所以这一万多人的武器装备都要马铖来管，好在这一年多马铖的糖厂效益不错，再加上工部兵器局已经成了马铖的私产，所以现在马铖还能负担的起护军开销。
除了组建自己的护军，马铖还将城外清军俘虏变成二十营。经过一个多月的清缴，四十万清军共有二十四万成了马铖的俘虏。按照事后的统计，四十万清军死亡的足有十万，大部分都是最后一战中阵亡的。除了这些死的还有数万人跑进了山区，或者利用各种手段逃到江北。
马铖从这二十多万清军中挑选出十万精锐，将他们分成二十营，开始进行新兵训练。不过马铖并不想将这十万都充入新军，马铖现在的实力有限，实在没办法搞到十万人的武器装备。所以马铖要从这十万人中挑选出四万人充入新军，其他人当成预备队，也就是随军壮丁。
剩下的十多万清军俘虏就简单了，反正魏国公家有的是土地，马铖大笔一挥
这十多万清军都成了自己的佃户，负责耕种马铖的数万亩土地。
随着时间的推移马铖的工作进入正轨，新兵训练如火如荼的进行，南京周围的荒地也在有序的开垦，可是朝廷上对马铖不利的消息却越来越多。
其实很简单，马铖将自己的护军扩充至一万多人，已经超出了法律的限制。再加上朝中东林党这帮搅屎棍拿着放大镜在找马铖的错误，所以在他们得到消息后，第一时间就上本参了马铖。
可是东林党们忘了马铖还有一个首辅老子，在马士英的协助下，皇帝对马铖并没有什么意见，毕竟这时马铖刚被封为镇国侯，热乎气还在。
可是随着时间的推移，皇帝朱伦奎对马铖越来越不满。在马铖将十多万清军俘虏充当自己的佃户后，朱伦奎的忍耐程度终于到头了。这并不能怨皇帝小心眼，没有一个皇帝能眼睁睁的看着手下多出十多万的佃户。