当朱伦奎在朝会上说出准备任命祁彪佳为江南巡抚的时候，马士英可是心中一惊。他太了解皇帝这么做为的什么，无非就是派出一个心腹，去前线牵制马铖。
明代巡抚最初出现在永乐年间，也算是朱棣的发明创造吧。实际上，那个时候的巡抚和之后的巡抚并不是一回事。
朱元璋在占领全国后，废除明代中书省，在地方设置布政使司，最高长官为布政使，主管全省事务，地位相当于我们今天的省长。
本来布政使管事也算正常，但朱元璋有一个嗜好就是分权，他绝不放心把一省的所有大权都交给一个人，于是他还另外设置了两个部门，分管司法和军事。这两个部门分别是提刑按察使司和都指挥使司，最高长官为按察使和都指挥使。
老朱搞这么一手，无非是为了便于控制各省事务，防止地方坐大，本意不坏，但后来的事情发展又出乎了他的意料，这是因为他的这一举动正应了中国的一句俗话三个和尚没水喝。
虽然这三位长官的职权并不相同，布政使管民政、财政、按察使管司法、都指挥使管军事，但大家都在省城办公，抬头不见低头见，关系处得不好，也是很麻烦的。平日里三家谁也不服谁，太平时期还好办，万一要有个洪灾旱灾之类天灾，如果没有统一调配，是很麻烦的，特别当时还经常出现农民起义这种群众性活动，没有一个总指挥来管事，没准农民军打进官衙时，这三位大人还在争论谁当老大。
为了处理这三个和尚的问题，中央想了一个办法，就是由中央派人下去管理全省事务，这个类似中央特派员的人就叫巡抚。要说明的是，中央可不是随便派个人下来当巡抚的，在论资排辈十分严重的中国官场，能被派下来管事的都不是等闲之辈，一般来说，这些巡抚都是各部的侍郎（副部级）。
与很多人所想的不同，在永乐时期，中央官员序列中实际上并没有巡抚这个官名，所谓的巡抚不过是个临时的官职，从这个名称就能看出来，巡抚巡抚，巡查抚民。所以中央的本意是派个人下去管事，事情办完了你就回来，继续干你的副部级。
可是天不随人愿，中央大员下到地方，小事容易办，要是遇到民族纷争问题和农民造反这些大事，就不是一年半年能回来的了。要遇到这种事情，巡抚可就麻烦了，东跑西跑，一忙就是大半年，这里解决了那里又闹，逢年过节的，民工都能回家过年，而有些焦头烂额的巡抚却几年回不了家。
本来只是个临时差事，却经常是一去不返，巡抚也有老婆孩子，也有夫妻分居，子女入学这些问题，长期挂在外面也实在苦了这些大人。中央也麻烦，往往是这个刚巡回来，又有汇报何处出事，地方处理不了，需要再派，周而复始，也影响中央人员调配。于是，在后来的历史发展中，巡抚逐渐由临时特派员变成了固定特派
员，人还算是中央的人，但具体办公都在地方，也不用一年跑几趟了。
既然说到巡抚，我们就不得不说与之相关的两个官职，总督与督师。巡抚虽然是大官，却并非最大的地方官员，事实上，比巡抚大的还有两级，这两级官员才真正称得上是举足轻重的人物。
明朝政府确定了巡抚制度后，又出现了新的难题，因为当时的农民起义军们经常会变换地点，也就是所谓的打一枪换一个地方，也算是游击战的一种，山东的往河北跑，湖北的往湖南跑，遇到这种情况，巡抚们就犯难了。
比如浙江巡抚带着兵追着起义军跑，眼看就要追上，结果这些人跑到了福建，浙江巡抚地形不熟，也不方便跑到人家地盘里面去，就会要求福建巡抚或是都指挥使司配合，如果关系好也就罢了，算是帮你个忙。关系不好的那就麻烦了，人家可以把眼一抬“你何许人也，贵姓？凭什么听你指挥？”
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