刑官妄引新例，锻炼成狱，没其家赀。校尉遍行边塞，势焰薰灼，人不自保。”力劝武宗“宜速改而不容绥者”。武宗批允，“疏至，诏悉行之。”对于丛兰的责伐，“刘瑾大恶之，矫旨严责。”给事中张瓒、御史汪赐等刘瑾奸党，亦“希旨劾兰”，“欲中以祸”，丛兰眼看就要大祸临头，然而此时边关告急，丛兰作为边关主将不易处置，刘瑾只好暂且搁置。所幸“数月，瑾诛”，丛兰方转危为安，丛兰不畏权奸、勇斥弊政、心怀社稷的胆略气节，赢得了朝野上下的一片赞颂，不久便晋升为通政使。
丛兰的胆略气魄，不仅展现在参朝理政上，而且在整军备战、卫国戍边方面也胆识过人，气魄非凡。丛兰入朝为官后不久，即在清理房山草料场、整顿京城防务中表现出非凡的军机处置才能，朝臣无不为之侧目，弘治皇帝由此加封其为兵科右给事中。丛兰从此得以参知军政，襄理军务，由此开始了他卫国戍边二十余年的军旅生涯。
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身为军国重臣、封疆大吏，丛兰全心扑在百姓民生上，全心扑在边防建设上。“值岁旱”，田间干枯，禾苗奄奄，百姓心急如焚，齐向丛兰哭诉求救。丛兰“祷于群望”，清冤理狱，追悼亡灵，斋戒敬天，致使境内“鞫冤系释之”，不日“三边皆雨”，稼禾俱兴，百姓开颜，齐聚督府跪谢，丛公由此威加“三边”。
刘瑾时期，官商勾结，把持盐政，牟取暴利，致使“引利皆归于权右”。“及公来”，整肃军纪，统一政令，统一市贸，严惩不法，从而使臣属“无敢私谒商通，而事乃济。”此后，“诸有补于边储者，皆一一条上行之。”从而使边境市贸井然，物给丰足，百姓乐业，军心大振，边防愈加巩固，胡寇愈加闻风远遁。丛公由此军民爱戴，声望日隆，威震三边。
丛兰为人沉稳，富有谋略，致力军备，屡建奇功，中都一带盗匪群起，官军守将纷纷败北，满朝文武惶惶不安。危难之际，群臣举贤，首推丛兰，正德帝遂“亟召公巡抚庐、凤、滁、和”等地。丛公到后，一边广施仁政，广济灾民，安定地方，一边加强军备，步步为营，对敌展开部署。丛兰率兵抵达凤阳，此时贼已压境，丛兰遂督吏士防遏沿河诸渡口，准备迎战。顷刻，警报至，丛兰即躬擐甲胄，身先士卒，奔走邀击。在丛公冲锋陷阵的激励下，将士人人奋勇，个个用命，直杀得天昏地暗，经过数度激战，贼寇渐渐不支，不久便全军溃败，狼狈逃窜。此役共俘斩三千余人，溺而死者数万，赈济所全活者又二万六千八百余口，抚释协从男、妇六百人。
捷报传至京城后，举朝欢庆，正德帝遂赐敕奖励，赉以金帛，等到秋天九月班师回朝时，当地老稚攀留满车，下为立生祠。王师凯旋后，正德帝出宫相迎，还朝论功，又升一级，荫一子，为太学诸生，加赐金帛羊酒。同时召集满朝文武宴于礼部，大肆庆贺。
蒙古小王子率军大举南侵，蒙军压境，边关危急，武宗加封丛兰为右都御史，并敕命其总制宣、大并山西偏头、宁武、雁门等关军务。丛兰从而成为统兵抗敌、节制边关五路兵马的总督帅，临危受命，手握重兵，深感责任重大，深恐有负圣命，即上疏请辞帅印，分减兵权，武宗不允。丛兰又再次上疏请辞，武宗又不允。
丛兰来到边关后，即四处巡视，查勘敌情，整修军备，并令内地军民各筑堡入保，亦如塞下，在整饬边备的同时，丛兰还严号令，明赏罚，从严治军，从而使边关将士，在丛兰的精心治理下，边关各镇一时众志成城固若金汤。为了消灭蒙军的有生力量，彻底根除边患，丛兰坚壁清野，固守不出，一再示弱。
在丛兰骄敌深入之计下，蒙军不可一世，疯狂入侵，一再深入，见战机已现，奋然谓诸将曰：“贼志骄矣，取威服远，机不可失也！”。在丛兰的督阵指挥下，边关将士一拥而出，东西