说，在中小学则有某大学派，某师范派，在大学则有英美法德日等派，派别之中，复有以地域而分化为小派别者，名目繁多，不胜枚举，“留英美派”与“留法派”的冲突只是最明显、最知名的一部分。
派系的权力虽然无形，其影响却超过了校长的权力。
然而，从后来的历史发展来看，此后的很长一段时间里，这种冲突的余波仍未消散。
以上为新中国成立之前的情况，以下为新中国成立之后的情况——
据《竺可桢日记》记载，出自清华的钱三强起初其实“极不赞同”华罗庚出任所长。但在筹备数学所的过程中，钱三强等人逐步转变了看法。
华罗庚回国后，很快就有华罗庚想当所长的传言，尤其是从清华大学传出华罗庚“胃口太大”的风言风语，甚至被批判为“政治上的骗子，学术上的商人”。
1950年12月23日，华罗庚主持中科院筹备处会议，正式推举华罗庚出任所长。
最晚1951至1952年，华罗庚在一些人眼里就成了问题人物。由于他曾加入KMT，并受到常凯申的召见，在一些人看来这都是重大的“政治历史问题”，因而被作为重点对象受到了很不公正的批判。
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1952年，他参加筹建中国科学院数学研究所的工作，并在数学研究所从事数学研究。
1952年8月起，华罗庚的工资关系转到中科院，与清华大学脱离了关系。
1954年，中国科学院（本作简称：中科院）成立，下设数理及化学学部、生物学地学学部、技术科学学部、哲学社会科学学部等4个学部，并在之后评定了包括华罗庚在内的新中国第一批“学部委员”。
1957年后，华罗庚在中科院数学所被边缘化。
期间，关肇直担任数学所的副所长，并兼任中国数学会秘书长，成为数学所和数学界的实权人物。
值得一提的是，关肇直长期认为华罗庚有强烈的资产阶级个人主义，热衷于追求个人名利，是中国数学界的大学阀等等。在学术上，关肇直不仅批评华罗庚从事纯粹数学研究是理论脱离实际，甚至认为其学术水平停滞不前、知识老化等等。在这一年之后，两人矛盾公开化，加上本来就对华罗庚有成见的一些人推波助澜，华罗庚的处境日益困难。
1962年，关肇直在中国科学院数学所内组建了中国第一个控制理论研究室，并兼任室主任。
1963年，在政治上受到严重歧视的华罗庚在中科院数学所内申请入党无望，就想辞去所长职务。最终，院领导让他继续当挂名的所长，但同意他把人事关系转到中科大。
1964年，华罗庚向中科大党委提出入党申请，却再次在中科院数学所党委面前碰壁，三年后再次申请入党仍无结果。
1960-70年代，华罗庚凭个人的声誉，到各地借调了得力的人员组建“推广优选法、统筹法小分队”，亲自带领小分队到全国各地去推广“双法”，所到之处，都掀起了科学实验与实践的群众性活动，取得了很大的经济效益和社会效益。
期间，有说法称华罗庚曾建议中科院数学所和中科大的部分中、高级科研人员进行费马最后猜想的研究，但未见文字证据，且目前未有证据证明关肇直对此是否知情。
1970年，关肇直被停职并检查交代问题。
1973年9月30日，时年92岁的李石曾病逝。
1974年经院党的核心领导小组批准，关肇直作出自我检讨后，恢复了所革委会委员等职务。
1978年3月，全国科学大会召开之际，华罗庚出任中科院副院长。
为了解决数学所的矛盾，中科院于197