元朝干涉下难以实现，听到这一消息后，摸清了元朝外强中干的底细，决定反抗元朝的干涉，恢复高丽的自主。
然而，高丽的“附元辈”（亲元势力）担心中国局势的变化会影响他们的前途，特别是与元朝皇室联姻的奇氏、权氏、卢氏家族，他们与恭愍王之间的矛盾日益尖锐。至正十六年（1356年）五月十八日，恭愍王在宫中设宴，邀请包括奇辙、权谦、卢頙在内的宰枢两府大臣赴宴，企图将三人及其子侄一网打尽。奇辙和权谦到场后，恭愍王的亲信秘密建议趁早将他们处死，恭愍王采纳了这一建议，命令埋伏的壮士用大椎袭击奇辙和权谦，奇辙当场死亡，权谦逃到紫门时被杀。恭愍王随即出动禁卫四番军士捕杀三家亲族同党，将卢頙处死于其家中，暴尸街头。
随后，恭愍王宣布开京戒严，废止元朝设立的征东行省理问所，停用至正年号，恢复高丽旧制。他任命印珰、姜仲卿为西北面兵马使，率兵越过鸭绿江，扫荡东辽东八站地区，攻破婆娑府等三站；又任命柳仁雨为东北面兵马使，在元朝双城总管府千户李子春、李成桂父子做内应的情况下收复了沦陷百年的国土。
继续阅读，后面更精彩！
诛灭“附元辈”后，恭愍王颁布教书，宣布“一国更始”，归还奇辙等人掠夺的土地，解放其霸占的人民，并准备丈量土地，展开进一步的改革。元朝得知高丽入侵，扬言发兵80万讨伐；后来又派断事官撒迪罕到鸭绿江边宣旨，要求高丽国王解释清楚。为了避免事态扩大化，恭愍王献上印珰的首级（此前已因擅杀其副手姜仲卿而被廉悌臣杀死），上表谢罪。同年十月，撒迪罕来到开京，带来了元顺帝原谅高丽的诏书。恭愍王完成种种善后工作后，于至正十九年（1359年）六月正式表彰洪彦博等20人，封为“诛奇辙功臣”。
三、内忧外患
就在恭愍王王祺努力推行改革时，高丽的内忧外患逐渐达到了顶峰。至正十八年（1358年），高丽因大旱发生严重饥荒，漕运不通，恭愍王宣布减膳、撤乐、禁酒，以示与民同苦。然而，这只是高丽一系列灾难的开始。倭寇问题越来越严重，从恭愍王即位到至正十九年（1359年），倭寇已骚扰高丽沿海24次，恭愍王不得不在至正十七年（1357年）和至正十八年（1358年）两次宣布开京戒严，以应对倭寇的入侵。
更大的打击来自中国红巾军。当时，红巾军龙凤政权组织三路北伐，中路军潘诚（破头潘）、关铎（关先生）等沿太行山北上，攻陷元上都（今中国内蒙古正蓝旗），又转入辽东，直接威胁高丽。至正十九年（1359年）二月，红巾军传檄高丽；同年十二月，红巾军将领毛居敬率军4万越过结冰的鸭绿江东征高丽，蹂躏义州、静州、麟州等地，不久后攻陷西京平壤。开京居民恐慌，纷纷抢购物资，恭愍王也练习骑马，预备逃难。经过安佑、李芳实的苦战，终于在至正二十年（1360年）二月赶走了红巾军，但造成了数以万计的高丽百姓被屠杀。
至正二十年（1360年）三月，红巾军再次从海路进攻西京，十余日后被李芳实击退。翌年十月二十日，潘诚、关铎、沙刘等率20万红巾军渡鸭绿江，进攻高丽，势如破竹，一个月后就攻陷了开京。在红巾军进军高丽途中，有十余万高丽农民加入了红巾军。恭愍王率鲁国公主及百官仓皇南逃，十二月十五日抵达福州（今韩国安东），派郑世云统兵20万反攻红巾军。在郑世云、安佑、李芳实、金得培、崔莹、李成桂等将士的奋力征战下，终于在至正二十二年（1362年）正月收复了开京，并驱逐红巾军。
经历红巾军东征后，恭愍王决定重新依赖元朝，他在至正二十一年（1361年）九月派户部尚书朱思忠出使元朝，祝贺道路复通，同时恢复了征东行省。至正二十二年（1362